En San Ignacio de Loyola, éste es el nivel de mayor exigencia, porque articula los aspectos académico y disciplinario.
Está constituida por todos los grados de secundaria; en ella se desarrolla un sistema académico riguroso orientado al ingreso a la universidad y/o institutos superiores.
El grado de exigencia, la profundidad del conocimiento, las exposiciones grupales, las evaluaciones mensuales, los exámenes tipo admisión, las clases de complementación, el club de estudios tanto de matemática como de comunicación, la carga horaria diversificada, las prácticas dirigidas, las tareas domiciliarias, las evaluaciones psicológicas, el fomento al deporte, etc.; hacen de este nivel el de mayor importancia para el éxito futuro de nuestros egresados.
La secundaria cuenta con el respaldo de una Plana Docente de primer nivel integrados por docentes altamente calificados con amplia experiencia y de gran nivel profesional.
Nuestra estructura curricular esta concatenada en todos los grados. Se manejan programaciones debidamente estructuradas, es decir, que cada grado abarca temas del grado inmediato superior; con la finalidad de que en los años superiores se haga una revisión de toda la secundaria.
El uso de metodologías activas en este nivel dinamiza el aprendizaje haciendo más fácil el estudio de nuestros alumnos.
Somos una institución donde adicionalmente se prioriza el aprendizaje de nuestros alumnos inclusivos diversificando estrategias para su mayor aprendizaje. Por razones pedagógicas, el área matemática se divide en sub-áreas: Aritmética, Álgebra, Geometría, Trigonometría, Razonamiento Matemático, Razonamiento Lógico; siendo cada sub-área de la matemática dictada por un profesor especializado.
De igual manera el área de Ciencia, Tecnología y Ambiente (C.T.A) se divide en las sub-áreas: Biología, Física y Química, donde el docente realiza clases teóricas como prácticas favoreciendo de esta manera un mejor aprendizaje.